Один из них, вконец обиженный таким положением вещей, отправился в Лувр и рассказал брату королевы, Генриху III, о разврате, царящем в замке наваррца.
Маргарите было приказано срочно вернуться в Париж. Королева не без сожаления рассталась с любовниками и отправилась домой. Ее встретили холодно и, спустя некоторое время, снова решили отправить к мужу. Однако Генрих Наваррский попытался извлечь из этой ситуации максимум выгоды: он требовал компенсации за прием Маргариты, заставляя ее пребывать в унизительном ожидании окончания переговоров. Но она не поддавалась унынию и, бросив вызов противоборствующим сторонам, устремилась в Ажан, в стан противников обоих королей. С этого момента начался новый этап в жизни Маргариты Валуа — этап долгих скитаний из одного замка в другой. Генрих III разгромил мятежников, а свою сестру, словно преступницу, доставил в замок в Уссоне.
За спиной Маргариты в это время плелись многочисленные интриги, Генрих Наваррский, подстрекаемый своими фаворитками, стремился оформить развод, Екатерина Медичи подумывала о том, чтобы заточить дочь в монастырь. Но судьба распорядилась иначе — свое заключение в замке Уссон Маргарита превратила в настоящий праздник. Однажды утром она попросила передать маркизу де Канильяку, губернатору Уссона, что желает поговорить с ним. Придя в покои королевы, де Канильяк застал ее в постели почти обнаженной. Маркиз был сражен наповал столь дерзкой выходкой очаровательной пленницы, влюбился в нее и стал для Марго не только любовником, но и преданным рабом. Он выполнял малейшие прихоти своей возлюбленной. Маргарита со всей страстью отдалась любовным забавам, не забывая о творчестве. В короткий период ей удалось преобразить мрачный замок. Обожавшая чтение, она пополнила библиотеку сочинениями известных писателей и превратила свою обитель в новый Парнас, приглашая в созданный ею салон поэтов, философов и художников. Излюбленной темой бесед стала природа любви, которая всегда интересовала королеву. Она активно защищала единство души и тела, полностью отрицая невинную любовь.
В Уссоне Маргарита узнала о смерти своей матери и об убийстве брата, Генриха III. К престолу уверенно шел ее муж, который для достижения своей цели не брезговал и вероотступничеством. Маргарита, умудренная жизненным опытом, поняла, что борьба окончена и нет смысла сражаться с более сильным противником. Она немедленно дала согласие на развод и объявила себя сторонницей нового короля. В благодарность за это Генрих IV изъявил желание стать настоящим покровителем для бывшей жены — ей были оставлены все титулы и земли, а также пожалован приличный пенсион. Кроме того, Маргарите предоставили право построить свою резиденцию напротив Лувра.