Новобрачные зимовали в Кронштадте, где флот готовился отразить возможное нападение эскадры адмирала Нельсона… Павел снова пожелал видеть Чичагова:
– Вот видите в моем кабинете бюст Бонапарта, и отныне мои планы будут совмещены с его планами, дабы покарать Англию…
Страшась русско-французского союза, Англия устроила заговор в Петербурге, и в марте 1801 года император Павел I был убит по всем правилам уголовного искусства. Россия вступала в XIX век, а на рабочем столе адмирала Чичагова тоже появился бюст первого консула Наполеона Бонапарта. Это почитание культа личности Наполеона было тогда общим европейским поветрием, и ставить его в укор адмиралу никак нельзя…
Молодой император Александр I на другой же день после убийства своего отца зачислил Чичагова в свою свиту.
– Срочно езжайте в Ревель, – наказал он ему, – чтобы отвадить адмирала Нельсона от привычки шляться у наших берегов…
Очень скоро Чичагов сделался доверенным лицом императора; современники оставили нам свидетельства, что он, крайне самолюбивый и не в меру горячий, бывал вежлив только с низшими, но даже императору никогда не боялся дерзко высказать самые жестокие истины. Мало того, Чичагов доказывал царю, что пора отменить крепостное право, столь позорное для русского народа. Александр I был хитер; он покорно выслушивал Чичагова, украшая его орденами, произвел в вице-адмиралы, назначил в сенаторы, пожаловал ему имение на Виленщине:
– Вы меня растрогали прямотой своего характера. Но менять что-либо в порядках Руси нам еще рано…
Управляя морским министерством, Чичагов с его строптивым нравом оказался на своем месте. Не боясь наживать врагов и завистников, он преследовал злоупотребления и казнокрадство на флоте, улучшал кораблестроение и укреплял гавани, он запретил заковывать матросов в колодки, по берегам морей ставил сигнальные маяки, занимался морской медициной и гигиеной, налаживал производство навигационных инструментов. Ему исполнилось сорок лет, когда он стал полным адмиралом.
– Ветер дует в мои паруса, – говорил он жене…
Елизавета родила ему трех дочерей, и вдруг паруса поникли, потеряв счастливый ветер. Жена стала болеть, врачи доказывали, что для ее спасения надо переменить климат. Чичагов взял длительный отпуск; два года они прожили во Франции, но Лиза просилась в Англию и там, на родине, умерла. Чичагова с трудом оторвали от мертвой жены, он не мог отвести взор от ее лица. Историк пишет, что адмирал “встретил смерть ея полным отчаянием, совершенным упадком духа… не хотел оставить тело любимого им существа далеко от себя и своей родины”. Он перевез прах жены в Петербург.