Савонарола будто бы писал королям, государственным мужам и князьям церкви всей Европы, требуя созыва собора, который должен изгнать Борджиа и провести самые решительные реформы, уничтожив симонию в церкви и существовавшую торговлю не только местами кардиналов, но и престолом самого папы. 11 февраля 1498 года он снова выступил в Соборе с проповедью и нападал на папу, а две недели спустя сошел с кафедры с гостией в руках и заявил тысячам флорентинцев, толпившихся на площади, что, если он заслуживает отлучения, пусть его немедленно поразит Господь. Убедившись, что Господь его не поражает, Савонарола ознаменовал свое торжество новым костром, в котором пылали предметы роскоши и искусства; его Юношеская армия вновь рыскала по городу, грабя дома.
Письма Савонаролы, призывающие к реформе, тайно распространялись флорентинцами в Риме, он стал их кумиром. Когда Микеланджело рассказывал о виденном им костре, в котором погибли сотни бесценных манускриптов, книг, картин и скульптур, римских флорентинцев это мало трогало.
— Если кругом голод, за пищу платят любую цену, — возражал ему Кавальканти. — Мы должны уничтожить Борджиа, во что бы это нам ни обошлось.
Микеланджело находил новые доводы:
— А как вы посмотрите на эту цену через несколько лет, когда ни папы, ни Боттичелли уже не будет в живых? Придет другой папа, но другого Боттичелли нам уже никогда не видать. Работы, которые он бросил в огонь, исчезли навеки. На мой взгляд, вы оправдываете беззакония во Флоренции, чтобы избавиться от них здесь, в Риме.
Микеланджело не мог убедить римских флорентинцев своими рассуждениями, но папа тронул у них самое уязвимое место: он пригрозил конфисковать все имущества общины и выдворить ее из города без всяких средств, если Синьория Флоренции не доставит Савонаролу на суд в Рим. Насколько понимал Микеланджело, община пошла на полную капитуляцию: Савонарола должен умолкнуть; он должен признать себя отлученным и молить папу о прощении. Римские флорентинцы обратились к Синьории, прося ее действовать от их имени и привезти Савонаролу под стражей в Рим. Ведь папа только требует, объяснили они, чтобы Савонарола явился в Рим и получил отпущение грехов. А потом он будет волен возвратиться во Флоренцию и спасать души.
В конце мая по Риму распространился слух, заставивший Микеланджело поспешить в Поите: первый помощник Савонаролы, фра Доменико, решил обречь себя на испытание огнем. Флорентинская община собралась у своего патриарха, Кавальканти. Войдя в его дом, Микеланджело был оглушен: гости шумели и кричали не только в гостиной, но и на лестнице.
— Это испытание огнем — что оно означает? — спрашивал Микеланджело.