Жданов и новое руководство Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) — секретарь ЦК М.А. Суслов и его первый заместитель, отставной генерал-майор Д.Т. Шепилов. В недрах центрального партийного аппарата разрабатывались основные концептуальные установки и определялись главные цели и задачи этой кампании.
В июне 1947 г. в Министерстве здравоохранения СССР был проведен первый «суд чести» над этими учеными, а во все парторганизации страны направлено закрытое письмо ЦК ВКП(б) «О деле профессоров Клюевой Н.Г. и Роскина Г.И.».
В письме ЦК ВКП(б) констатировал, что это громкое дело зримо свидетельствует о серьезном неблагополучии морально-политического состояния советской интеллигенции, зараженной болезнью низкопоклонства и пережитками «проклятого прошлого», которые умело используют агенты иностранных разведок для достижения своих гнусных целей. Письмо заканчивалось предложением создавать «суды чести» по всем аналогичным проступкам, и вскоре они были созданы во всех научных и учебных заведениях страны, в государственных учреждениях, министерствах, творческих союзах и действовали на протяжении последующих двух лет.
По мнению ряда современных авторов (В. Кожинов, А. Вдовин, А. Барсенков), такая ситуация была вызвана целым рядом объективных причин, а не просто пещерным антисемитизмом И.В. Сталина, который якобы питал особую ненависть к этой нации.
а) Традиционно евреи были представлены в рядах советской интеллигенции большим удельным весом, во много раз большим, чем в населении самой страны, и активно участвовали в политической и идеологической борьбе по разные стороны баррикад. Например, среди заведующих отделами, лабораториями и секторами разных отделений Академии наук СССР их численность составляла 25―58%, в Институте истории АН СССР — 36%, а в Союзе писателей СССР — 33%. В такой ситуации любые сколько-нибудь значительные идеологические баталии и давление на советскую интеллигенцию со стороны власти представлялись как явления, носящие сугубо антисемитский характер.
б) Подрывной деятельностью Еврейского антифашистского комитета (ЕАК), созданного при советском информационном бюро в 1942 г. Первоначально этот комитет, который возглавил известный театральный режиссер С.М. Михоэлс, действительно оказал определенную помощь в общей борьбе с германским нацизмом, став своеобразной пропагандистской машиной и адресатом финансовой помощи различных еврейских структур и организаций за рубежом.