Голицына, который одновременно являлся обер-прокурором Святейшего синода и председателем столичного Библейского общества, во всех российских университетах были созданы кафедры «богословия и христианского вероучения» и введен новый курс богословских дисциплин, обязательный для всех факультетов.
Первоначально право поступления в университет имели только выпускники столичных и губернских гимназий. Чуть позже при всех университетах были созданы так называемые пансионы для тех лиц, которые получили либо домашнее образование, либо закончили уездные училища. Еще в 1804 г. был принят «Типовой университетский устав», в соответствии с которым все университеты получили статус автономных учебных заведений, научно-методических и учебно-административных центров, на которые были возложены задачи управления пятью учебными округами европейской части страны и подготовки преподавательских кадров для всех типов учебных заведений.
При Александре I продолжилась давняя практика создания привилегированных сословных заведений для подготовки государственных чиновников из числа потомственных дворян — так называемых лицеев. В эти годы были открыты Демидовский лицей в Ярославле (1803), Царскосельский лицей под Петербургом (1811), Ришельевский лицей в Одессе (1817) и Нежинский лицей в Черниговской губернии (1820).
В 1808―1814 гг. при активном участии М.М. Сперанского была проведена реформа всей системы учебных заведений, находящихся под опекой Святейшего синода. По аналогии с введенной в 1803 г. системой светского образования создавались четырехступенчатая система духовных учебных заведений с обязательной преемственностью учебных программ: церковно-приходская школа — уездное духовное училище — духовная семинария — духовная академия. Учебные программы духовных семинарий и духовных академий были существенно расширены за счет включения предметов гимназического и университетского курсов, в частности философии, естествознания и гражданской истории.
При новом императоре Николае I были существенно пересмотрены система и принципы функционирования начального, среднего и высшего образования в стране. В мае 1826 г. по личному указанию императора был создан комитет по устройству учебных заведений, который возглавил новый министр народного просвещения адмирал А.С. Шишков. Перед этим комитетом государь поставил две главных задачи:
1) проверить все уставы учебных заведений на предмет их «благонадежности» и
2) установить единые принципы политики просвещения в системе общего образования, а именно уточнить перечень предметов и учебных пособий для начальной и средней школы.
После завершения этой работы в августе 1827 г.