Новое наступление России в среднеазиатском регионе, где соседствовали и постоянно враждовали три государственных образования — Кокандское и Хивинское ханства и Бухарский эмират, населенные этническими узбеками, киргизами, таджиками и каракалпаками, началось в первой половине 1860-х гг.
В феврале 1863 г. на Особом совещании с участием Александра II было принято решение о планомерном продвижении России в среднеазиатский регион, и император отдал распоряжение приступить к соединению Сырдарьинской и Новосибирской оборонительных линий. Во исполнение этого решения в мае 1864 г. русские войска вступили на территорию Кокандского ханства, и уже в июне передовой отряд полковника М.Г. Черняева штурмом овладел крепостью Аулие-Ата, а отряд полковника Н.А. Веревкина захватил Туркестан. Овладение этими важными крепостями позволило соединить Новосибирскую и Сырдарьинскую оборонительные линии и образовать передовую Кокандскую линию. В сентябре 1864 г. русские войска под водительством М.Г. Черняева штурмом овладели Чимкентом и к России отошли обширные земли от Аральского моря до озера Иссык-Куль, на которых была создана Туркестанская область, первым генерал-губернатором которой был назначен сам Михаил Григорьевич Черняев. В октябре 1864 г. он попытался овладеть Ташкентом, потерпел досадную неудачу и возвратился в Чимкент.
Тем временем начался очередной военный конфликт между Бухарой и Кокандом, которым решили воспользоваться в Петербурге. В апреле 1865 г. русские войска заняли крепости Ниязбек и Чинак, а в июне 1865 г. штурмом был взят Ташкент. Бухарский эмир Музаффар потребовал от генерала М.Г. Черняева немедленно освободить захваченные территории, но, получив категорический отказ, двинул свою армию против русских войск. В мае 1866 г. генерал М.Г. Черняев разгромил войско бухарского эмира под крепостью Ирджар, а затем освободил кокандский город Ходжент и занял несколько крупных крепостей. В 1867 г. из завоеванных земель были образованы Сырдарьинская и Семиреченская области, вошедшие в состав Туркестанского генерал-губернаторства, которое возглавил генерал-адъютант Константин Петрович Кауфман.
В январе 1868 г. кокандский хан Худояр III подписал мирный договор с генералом К.П. Кауфманом, по которому, признав все завоевания России, становился ее вассалом. Однако бухарский эмир не смирился со своим поражением и надеялся взять реванш. В марте 1868 г., подстрекаемый реакционным мусульманским духовенством и надеясь на поддержку Хивы и Стамбула, он объявил России «священную войну» — газават. В апреле 1868 г. генерал К.П. Кауфман двинул свои войска на Самарканд, после взятия которого нанес сокрушительное поражение бухарской армии на высоте Чупан-ата и Зебарулакских высотах. В результате уже в июне 1868 г.