в ее недрах фактически осталось только одно I Отделение, которое занималось тщательным подбором и расстановкой кадров в центральные и губернские органы исполнительной власти, чинопроизводством, подготовкой императорских манифестов и указов, контролем за их исполнением и т. д. Управляющим Канцелярии был статс-секретарь и личный друг государя Александр Сергеевич Танеев, которому этот пост достался по наследству от предков — его деда и отца, занимавших ту же должность со времен Николая I.
В составе Госсовета было несколько департаментов, важнейшими из которых являлись Департамент законов, который возглавляли действительные тайные советники М.Н. Островский (1893―1899) и Э.М. Фриш (1900―1905), Департамент государственной экономии, которым руководил граф Д.М. Сольский (1893―1905) и Департамент промышленности и торговли, председателем которого был адмирал Н.М. Чихачев (1900―1905).
В феврале ― апреле 1906 г. была проведена реформа Государственного совета, который, наряду с Государственной думой получив законодательные функции, стал так называемой «верхней палатой» российского парламента. Отныне половина его членов проходила процедуру выборов, а сам Госсовет получил право вотирования, то есть отклонения законов, принятых Государственной думой.
После реформы Государственного совета его председателями поочередно были Дмитрий Мартынович Сольский (1905―1906), Эдуард Михайлович Фриш (1906―1907), Михаил Григорьевич Акимов (1907―1914), Сергей Сергеевич Манухин (1914), Иван Яковлевич Голубев (1915), Александр Николаевич Куломзин (1915―1916) и Иван Григорьевич Щегловитов (1917).
В период с 1894 по 1917 гг. пост обер-прокурора Святейшего синода занимали Константин Петрович Победоносцев (1880―1905), Алексей Дмитриевич Оболенский (1905―1906), Алексей Александрович Ширинский-Шахматов (1906), Петр Петрович Извольский (1906―1907), Сергей Михайлович Лукьянов (1907―1911), Владимир Карлович Саблер (1911―1915), Александр Дмитриевич Самарин (1915), Александр Николаевич Волжин (1915―1916) и Николай Павлович Раев (1916―1917).
В 1894―1905 гг. Комитет министров возглавляли Николай Христианович Бунге (1887–1895), Иван Николаевич Дурново (1895–1903) и Сергей Юльевич Витте (1903―1905), а во главе Министерства внутренних дел стояли Иван Логгинович Горемыкин (1895―1900), Дмитрий Сергеевич Сипягин (1900―1902), Вячеслав Константинович Плеве (1902―1904), Петр Дмитриевич Святополк-Мирский (1904―1905), Александр Григорьевич Булыгин (1905), Петр Николаевич Дурново (1905―1906), Петр Аркадьевич Столыпин (1906―1911), Александр Александрович Макаров (1911―1912), Николай Алексеевич Маклаков (1912―1915), Николай Борисович Щербатов (1915), Алексей Николаевич Хвостов (1915―1916), Борис Владимирович Штюрмер (1916), Александр Алексеевич Хвостов (1916) и Александр Дмитриевич Протопопов (1916―1917).