Властью, данною нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас» и заклинаем всех «верных чад Православной Церкви Христовой не вступать с таковыми извергами рода человеческого в какое-либо общение». Кроме того, в этом же «Воззвании» патриарх Тихон назвал все правовые акты, изданные в отношении РПЦ, проявлением «самого разнузданного своеволия и сплошного насилия над святой Церковью» и призвал всю христову паству «устраивать духовные союзы» и организовывать «ряды духовных борцов» на защиту «попираемых прав Церкви». Сам проект декрета «О свободе совести» был осужден Поместным собором РПЦ, а в Москве и Петрограде прошли массовые крестные ходы в защиту православной церкви, в которых приняли участие сотни тысяч прихожан.
Советская власть очень быстро и жестко ответила на этот демарш «реакционного духовенства» и уже 20 января 1918 г. восемь членов СНК РСФСР — В.И. Ленин, Н.И. Подвойский, В.А. Алгасов, В.Е. Трутовский, А.Г. Шлихтер, П.П. Прошьян, А.Г. Шляпников, В.Р. Менжинский и Г.И. Петровский подписали более жесткий декрет «О свободе совести, церковных и религиозных обществах», который через три дня был опубликован в «Известиях ВЦИК и СНК РСФСР» под названием «Об отделении церкви от государства и школы от церкви».
Публикация этого декрета привела к многочисленным эксцессам. Весной 1918 г. по всей стране произошло более 1400 кровавых столкновений сотен тысяч прихожан с представителями новой власти, в ходе которых было убито почти 140 большевиков и левых эсеров, которые с особым остервенением приступили к его практической реализации. Это не остановило воинствующих «атеистов» и в мае 1918 г. при Наркомюсте РСФСР, который возглавлял старый большевик П.И. Стучка, был создан специальный ликвидационный отдел, который с утроенной энергией взялся за проведение декрета в жизнь. В феврале 1919 г. при новом наркоме Д.И. Курском вышло чудовищное постановление Наркомюста РСФСР, которое предписало «с целью атеистической пропаганды» осуществлять «публичное вскрытие всех святых мощей». Все это привело к тому, что этот конфликт между православными общинами и большевиками стал одним из важных факторов эскалации широкомасштабной Гражданской войны. Православное духовенство приняло самое активное участие в организации вооруженной борьбы с «безбожной властью большевиков». Несколько тысяч священнослужителей встали в ряды военного духовенства белогвардейских армий А.В. Колчака, А.И. Деникина, П.Н. Врангеля и других. Более того, как установили современные историки (В. Цветков, Н. Егоров, О. Золотарев), в Сибирской армии генерала М.К. Дитерикса, объявившего «крестовый поход против большевизма», под руководством омского епископа Сильвестра (И.Л. Ольшевского) и генерал-лейтенанта В.В.