Кроме того, Оперативный отдел занимался созданием рейдовых партизанских соединений и отрядов, засылкой организаторских и диверсионных групп и переформированием партизанских соединений, определял им новые районы деятельности и ставил им боевые задачи, а также занимался контролем выполнения приказов начальника ЦШПД.
В оперативном отношении ЦШПД подчинялись все республиканские и областные штабы партизанского движения, которые возглавлялись секретарями или членами ЦК компартий союзных республик, крайкомов, обкомов, горкомов и райкомов партии. В частности, Украинский штаб партизанского движения возглавил кадровый чекист, зам. главы НКВД УССР генерал-майор Т.А. Строкач, Белорусский штаб партизанского движения — секретарь ЦК компартии Белоруссии генерал-майор П.З. Калинин, а Литовский штаб партизанского движения — первый секретарь ЦК компартии Литвы А.Ю. Снечкус. Создание штабов партизанского движения, а также надежных каналов связи партизанских отрядов и соединений с «Большой землей» придали партизанскому движению гораздо более организованный характер, что позволило в больших масштабах согласовывать действия партизан с частями регулярной Красной армии.
В сентябре 1942 г. была учреждена должность главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК маршал К.Е. Ворошилов, и Центральный штаб партизанского движения был переподчинен ему. В ноябре 1942 г. новоиспеченный партизанский главком внес в Ставку ВГК и ГКО предложение о создании в тылу германских войск регулярной партизанской армии. Однако после изучения данного вопроса его предложение было отвергнуто, а в мае 1943 г. пост главкома партизанским движением был упразднен. Отныне Центральный штаб партизанского движения, в состав которого входили генерал-лейтенант П.К. Пономаренко, нарком НКВД УССР генерал-майор В.Т. Сергиенко и начальник Управления радиоразведки ГРУ НО СССР генерал-майор Т.Ф. Корнеев, был вновь напрямую подчинен Ставке ВГК и лично И.В. Сталину."
"Первоначально, в 1941―1942 гг., основной тактической единицей советских партизан являлся партизанский отряд, ставший в годы войны одной из основных организационных структур и самой распространенной боевой единицей всех партизанских формирований. По своему предназначению все партизанские отряды делились на обыкновенные (унитарные), специальные (разведывательно-диверсионные), кавалерийские, артиллерийские, маршевые, штабные, резервные и местной самообороны. Как правило, эти отряды имели по 35–90 человек личного состава и делились на две-три боевые группы.