Эта поспешная перестройка всей системы управления в стране сразу вызвала множество проблем, многие из которых носили не только чисто управленческий характер, но и характер личного соперничества двух первых секретарей в областях, краях или республиках. К тому же, кроме двух новых обкомов (крайкомов) в каждой области (крае, республике), создавались и по два облисполкома. Теперь во всех регионах имелись два областных здравотдела, два отдела народного образования, два управления милиции, два финансовых отдела, два отдела культуры и т.д.
Усложнилось управление и на уровне союзных республик, где во всех республиканских ЦК создавались два Бюро ЦК — по промышленности и по сельскому хозяйству. Усложнилось управление и на районном уровне. Первоначально здесь планировали ликвидировать все городские и районные комитеты партии и заменить их парткомами колхозно-совхозных и промышленно-производственных управлений. Затем эту систему несколько «подновили», и на районном уровне кроме райкомов партии по сельскому хозяйству стали действовать новые «зональные» промышленные райкомы, расположенные чаще всего в ином населённом пункте, чем сельский райком.
Одновременно Пленум ЦК принял решение об изменении прежних систем партийного и государственного контроля, объединив их в единую систему партийно-государственного контроля. В постановлении ЦК, принятом по данному вопросу, лукаво говорилось о восстановлении ленинских принципов партийно-государственного контроля, которые якобы были упразднены И.В. Сталиным. В реальности новые органы объединенного контроля ничего общего с ленинским планом решения этой проблемы не имели. В.И. Ленин в своих последних работах «Как нам реорганизовать Рабкрин», «Лучше меньше, да лучше» и других писал о четком разделении и параллельном существовании ЦК и ЦКК, а новые органы партийно-государственного контроля существовали при партийных комитетах, а не параллельно с ними. Все районные и областные комитеты партийно-государственного контроля возглавлялись по совместительству вторыми секретарями райкомов и обкомов партии. Комитет партийно-государственного контроля СССР возглавил секретарь ЦК А.Н. Шелепин, который одновременно был назначен заместителем председателя Совета Министров СССР."
"Кроме того, на этом Пленуме в рамках аппарата ЦК были созданы два Бюро и избраны четыре новых секретаря ЦК — А.П. Рудаков, В.И. Поляков, В.И. Титов и Ю.В. Андропов, которые стали последней надеждой лидера партии на обновление верхних эшелонов власти. Заведующий Отделом тяжелой промышленности ЦК КПСС А.П. Рудаков возглавил Бюро ЦК по промышленности, бывший главный редактор центральной партийной газеты «Сельская жизнь» В.И.