Отныне все производство сельскохозяйственной продукции в стране замыкалось в единый государственный агропромышленный комплекс. На региональном уровне в АПК объединялись все предприятия, связанные с производством и переработкой сельскохозяйственной продукции, с производством минеральных удобрений, различной сельхозтехники и т.д. Создавались соответствующие структуры агропромышленных объединений (АПО) и на районном уровне. Из-за жесткой позиции председателя Совета Министров СССР Н.А. Тихонова, который резонно опасался возникновения «двоевластия» в правительстве, Госагропром СССР, поглотивший функции шести общесоюзных министерств: Минсельхоза, Минплодовощхоза, Минпищепрома, Минмясомолпрома, Минсельстроя и Госкомсельхозтехники, был создан только после его отставки, в ноябре 1985 г., когда новым Генеральным секретарем ЦК стал М.С. Горбачев.
К середине 1980-х гг. в агропромышленной сфере страны существовало почти 4,8 тыс. межхозяйственных предприятий, однако агропромышленная интеграция не принесла ожидаемого эффекта. За счет дополнительных бюджетных ассигнований в одиннадцатой пятилетке удалось преодолеть лишь спад производства в сельском хозяйстве страны и даже обеспечить некоторый его рост по сравнению с десятой пятилеткой. В целом намеченных программой показателей достичь опять не удалось, и страна была вынуждена по-прежнему ввозить из-за рубежа все большее количество продовольственных товаров. Если в 1976―1980 гг. их импорт составлял 10% от уровня сельскохозяйственного производства страны, то уже в 1981 г. он достиг почти 28,5%.
Дефицит сельскохозяйственной продукции усугублялся еще большими потерями на всем пути от производителя до потребителя. Недостаток и низкое качество транспортных средств, хранилищ, тары, перерабатывающих предприятий, удаленность их от полей и ферм, садов и огородов, к тому же плохие дороги «съедали» до 20% зерна, 30% овощей, 40% картофеля и около 1 млн тонн мяса.
Кроме того, в целях ускорения развития сельского хозяйства в южных регионах страны в начале 1980-х гг. в недрах ЦК КПСС были разработаны проекты переброски части стока северных рек в Кубань и Крым, сибирских рек — в Среднюю Азию, а европейских рек — в Закавказский регион. Эти проекты широко обсуждались в правительстве и находили определенную поддержку как среди руководителей южных регионов страны, в частности, первых секретарей ЦК Компартий Казахстана и Узбекистана Д.А. Кунаева и Ш.Р. Рашидова, так и среди влиятельных руководителей союзного правительства, прежде всего, многолетнего председателя Госплана СССР Н.К. Байбакова. Благодаря резкой критике этого проекта со стороны руководства российского правительства в лице кандидата в члены Политбюро ЦК М.С. Соломенцева, ряда крупных русских писателей — В.И.