Один из покинувших обитель монахов, попав в руки к царским войскам, указал, где в стене одной из башен есть плохо заделанная калитка.
В ночь на 22 января 1674 года пятьдесят стрельцов пробрались через неё внутрь и открыли ворота для основных сил. После непродолжительного сопротивления монастырь пал. Многие отмечали, что ворвавшиеся вели себя как на захваченной вражеской территории: казна, библиотека, ризница были разграблены. Особенно отличился на ниве грабежа Мещерский, увёзший на лодках большую часть добра. Кстати, за это он подвергся тюремному заключению, а следствие тянулось несколько лет. Присматривать за разгромленной обителью Москва направила другого воеводу, В. А. Волконского, чья ненависть к раскольникам также не вызывала сомнений. Кроме того, соловецкий штурм не принёс ничего хорошего и Алексею Михайловичу: на следующий день после него царь серьёзно заболел и через неделю скончался. Позднее в старообрядческой среде бытовала легенда, что, почувствовав себя плохо, он «познал» своё преступление и посылал приказ отменить взятие. На самом же деле перед смертью, как сегодня хорошо известно, царь вспоминал не о погубленном им монастыре, а о «друге» Никоне, желая попросить у того прощения.
После этих событий Соловки быстро затухают, превратившись из видного духовного центра в самую заурядную обитель. Отстроенная на новый лад церковь явно не стремилась лишний раз напоминать о той трагической странице. Зато в народной памяти соловецкая оборона навсегда осталась символом мужества и стойкости в отстаивании своих взглядов. Как убеждала людская молва, защитники знаменитого монастыря обосновались в легендарном Беловодье, где должно утвердится истинное Царство Божие. Непосредственным преемником Соловков стала, как известно, Выговская беспоповская пустынь, основанная культовыми фигурами староверия братьями Денисовыми. Один из них, Семён, навсегда запечатлел народный подвиг в труде «История об отцах и страдальцах соловецких».
Более крупные волнения с точки зрения размаха и остроты произошли в 1670–1671 годах в Южном и Среднем Поволжье: они вошли в историю как крестьянская война под предводительством Степана Разина. Разгоревшиеся события даже привлекли пристальное внимание за границей. Одно из первых иностранных сочинений на данную тему, вышедшее по свежим следам в немецком Виттенберге, сообщало, насколько случившееся повергло в ужас не только Московское государство, но и всю Европу. В то же время историография редко увязывала тот факт, что эти потрясения следовали за осуждением старообрядчества на Большом соборе 1666–1667 годов. Анафема традиционной церкви всколыхнула страну с севера до юга, причём духовный протест трансформировался в отторжение новой элиты в целом.