И далее Иван Грозный постоянно держал церковь под давлением, не разрешая земельные вклады в монастыри, лишая их права покупать и брать в заклад недвижимое имущество. Ранее находившиеся в закладе земли конфисковались.
Церковной верхушке царь указывал на жалобы населения о том, что иерархи присвоили себе треть страны, развернули бурную торговлю, с людей любого звания берут «мыт» за проезд по монастырским землям и т. д. Интересно и другое: критика иосифлян шла и по линии веротерпимости к другим конфессиям, против чего настойчиво выступали последователи Иосифа Волоцкого. Пример здесь подавал непосредственно Иван Грозный. Как сообщают источники того времени, его нисколько не смущало присутствие в православной церкви приверженцев ислама. Выражавший недовольство подобной практикой митрополит Филипп был выгнан царём из храма. В другой раз на него наложили денежный штраф за какую-то обиду немецкому пастору, приехавшему в Москву и получившему разрешение посещать разные города.
Таким образом, опричнина задала тренд, определявший политическое лицо Московии вплоть до 1605 года, то есть до начала Смуты. И хотя репрессии после 1572 года спали, однако это не привело к восстановлению позиций литовско-украинского клана, остававшегося в подавленном состоянии весь этот исторический отрезок. После смерти Ивана Грозного в 1584 году на престол вступил его сын Фёдор Иоаннович, а главным субъектом власти была группировка, состоявшая из представителей коренных регионов страны. В ней выделялся Борис Годунов, чью родную сестру Ирину выбрал в жёны наследник. Конечно, такой расклад не сулил оттеснённым на вторые роли вельможам светлого будущего. Не случайно романовская историография изображает эти десятилетия в негативных тонах, а Фёдор Иоаннович не пользуется её симпатиями. Красноречива характеристика царя — ширококостный карлик с маленькой головой и огромным носом, а также ограниченными умственными способностями.
Тем не менее смерть Ивана Грозного побудила литовско-украинских мужей попытаться если не переломить, то улучшить ситуацию, прибегнув к испытанному способу. В 1586 году при дворе заговорили о бесплодии Ирины Годуновой, вспоминали Василия III, когда тот из-за той же причины развёлся с С. Сабуровой и вступил в брак с Е. Глинской, дабы трон не остался без наследников. И теперь целая группа во главе с Шуйскими и Милославскими собиралась бить челом царю о разводе. В новые жёны сватали не кого-нибудь, а одну из сестёр Милославских, чей отец погиб в опричнину. РГ. Скрынников отмечал, что названные деятели являлись лидерами польской партии в Москве.