Некоторые даже считали, что в этом Годунов предвосхитил Петра I. Активно развивались связи с англичанами и голландцами: порт Архангельска принимал до 30 кораблей ежегодно. Было подтверждено право беспошлинной торговли с туманным альбионом, дарованное ещё Иваном Грозным. Королева Елизавета І с энтузиазмом смотрела на открывающиеся возможности сотрудничества с Москвой. Узнав, что Борис имеет намерение женить сына, предлагала варианты с английскими аристократками. Лишь кончина Елизаветы І в 1603 году помешала сватовству. Помимо Англии укреплялись отношения с немецким торговым союзом — Ганзой. Была исполнена просьба 59 городов, входивших в объединение, коим жалована грамота для торговли с понижением пошлины до половины. Кроме того, впервые группа молодых людей направлялась в немецкий Любек для обучения промышленным наукам.
Московское правительство ратовало за сближение с теми, у кого было чему поучиться и позаимствовать знания. Не оставлена также мысль об овладении прибалтийскими берегами для беспрепятственного сообщения с Западной Европой. Как Иван Грозный хотел сделать из Ливонии вассальное королевство и назначал своей рукой королём датского принца Магнуса, так и Годунов для той же цели ещё при Фёдоре Иоанновиче завёл сношения с шведским принцем Густавом, изгнанным из своей страны. После 1598 года тот приехал в Москву: его сватали за дочь Бориса Ксению, но он не пожелал переменить веру. Тогда всплыла кандидатура брата датского короля, которого приняли с большой торжественностью, однако вскоре тот скончался. В 1604 году начались переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, прерванные начавшейся Смутой.
Но узловым событием этого периода стал разгром романовского рода, о чём историки ХѴІІІ—ХІХ веков не пишут без гнева, адресуя проклятья Годунову. Тот не переставал видеть конкурентов в досточтимом семействе, которое, в отличие от него, было, как бы, связано кровными узами с домом Мономахов через первую жену Ивана Грозного Анастасию Романову — мать Фёдора Иоанновича. Сын её родного брата, то есть двоюродный брат царя Фёдор Никитич Романов с годами стал ближайшим к трону. Поэтому именно ему по легенде умирающий царь вручил знак державной власти — скипетр или посох, но выскочка Годунов обманом завладел престолом. Отсюда его злоба по отношению к Романовым, но гонение требовало предлога, дабы как-то прикрыть злодейский замысел. Вовремя подоспел донос от одного из дворовых людей Романовых, якобы те задумали отравить Бодунова. Проведённый обыск обнаружил мешок с кореньями для отвара зелья, и их арестовали со многими родственниками.