В 1640 году Могила уже предлагал устроить в Москве с помощью киевских монахов-просветителей школу с продвинутым обучением, то есть по греческо-униатским образцам, но тогда на это не решились.
Впервые высокая оценка православия греков прозвучала незадолго до смерти царя Михаила в ходе дебатов с датским принцем Вальдемаром. Тот прибыл в Москву в качестве жениха царской дочери и не пожелал перекрещиваться, намекая на испорченность православия. В ответ патриарх Иосиф (1640–1652) убеждал: греки обладают всей полнотой веры, они отвергли римских пап как раз за отступление от этой самой полноты. Лютеранские пасторы из свиты принца активно развивали тему очищения от папства и возврата к истокам веры. Патриарх их поддерживал, заявляя, что греческая церковь наиболее древняя, а значит, «согласуется с правым исповеданием». Разговоры же об испорченности греков наотрез отвергались. Более того, последние ставились в пример как хранители древнего устава, в том числе и церковных обрядов, что уже прямо шло вразрез с московской традицией. Тем самым патриарх Иосиф обозначил направление, куда следовало двигаться.
Именно при нём в Москве распространяется новая религиозная литература полемического характера. Наиболее весомые из этого ряда — Кириллова книга, «О вере», Малый катехизис — представляли собой перепечатку трудов, подготовленных в стенах Киево-Могилянской академии. В 1648 году большим тиражом издаётся славянская грамматика М. Смотрицкого с обширным введением и центральной мыслью о неправильности московских церковных книг, их исправление названо богоугодным делом. Автор писал о необходимости этой работы, которую должны поручить знающим и образованным людям. Кого Смотрицкий имел здесь в виду, догадаться несложно. Царь Алексей Михайлович лично обратился к Киевскому митрополиту Сильвестру Коссову с просьбой прислать учёных мужей, сведущих в греческом и латинском языках. Вскоре вслед за литературой в Москве появляется первая деятельная группа из Киево-Печерской лавры и других монастырей: Арсений (Сатановский), Славинецкий, Тернопольский, Вережанский, Птицкий, Быковский и другие, численностью около тридцати человек. Они начинают активно вразумлять местные кадры по вопросам вероисповедания. Начать решили с изменений в церковном пении. С 1651 года по униатским образцам в нотные книги вносились коррективы.
Всей этой славной компании покровительствовал всемогущий царский духовник протопоп Благовещенского собора в Кремле Стефан Вонифатьев. Сразу скажем, что это персонаж с неясным происхождением, о чём до сего дня спорят специалисты. Кстати, современники той эпохи нередко указывали его фамилию на малороссийский манер — Вонифатьевич.