В это время прилив с берегов Днепра нужных кадров в церковный истеблишмент не ослабевал. Более того, на соборе 1660 года впервые в московской истории присутствовала делегация с Украины, внимательно следившая за религиозными сдвигами в Москве. Конечно, прожжённые церковники с униатской закалкой приветствовали предпринимаемые шаги, тем более что к ним самое непосредственное отношение имели их собратья, заметно укреплявшие свои позиции.
В то же время полного доверия к происходящему пока не возникало, необратимость церковной реформы вызывала определённые сомнения. Так, в Киевской митрополии хорошо помнили попытку московских иерархов распоряжаться как дома в отвоёванной Смоленской земле. Те вступили в борьбу с местным украинским духовенством, не стесняясь называть его иноверным. В знак протеста тогдашний глава Киевской митрополии Сильвестр Коссов в конце 1655 года даже отказался отправлять своего певчего Пикулинского в распоряжение Алексея. Кроме того, появление в Москве выписанных украинских монахов приводило к серьёзным недоразумениям. Так, после приезда очередной партии малороссиян, размещённых в Иверском монастыре, все прежние иноки покинули обитель, не желая находиться под одной крышей с неверными. Эпопея с Никоном, отставленным без его согласия, вызвала у киевских архиереев определённую озабоченность. Проявленное отношение к патриарху не могло не насторожить их, поскольку примерялось прежде всего на себя. Не случайно именно киевлянам принадлежала мысль поступить с опальным строго по установленному порядку, то есть окончательно лишить высокого сана только в присутствии восточных патриархов, с чём Алексей был вынужден согласиться.
С другой стороны, конфликтный уход Никона посеял немало надежд у тех, кто желал «старое благочестие взыскать, отложив новые затеи». Снизу начали осаждать царя просьбами отказаться от никоновских новин, против которых народная агитация не прекращалась. Распространялось немало анонимных посланий, известен даже случай, когда один юродивый бежал за царским экипажем, выкрикивая во всеуслышание: «Добро бы, самодержавный, на древнее благочестие вступить!» Эти массовые настроения находили некоторое сочувствие и в верхах. Хрестоматией пример видных боярынь, протестующих против церковных преобразований: Феодосьи Морозовой, её сестры княгини Евдокии Урусовой и жены стрелецкого полковника Марии Даниловой, являвшихся поклонницами мятежного Аввакума, снабжавшего их инструкциями по противодействию злу. Овдовевшая в 1662 году боярыня Морозова даже порвала все связи с высшим московским обществом, отдав свои средства на содержание большого приюта, где концентрировались приверженцы старой веры, изгнанные из различных монастырей.