Во внешней политике в правление Софьи замечателен договор с Китаем, до границ которого дошла тогда русская колонизация. В течение XVII в. русские добрались через всю Сибирь до берегов Тихого океана, обогнули на судах северо-восточную оконечность Азии (Семен Дежнев) и заняли Камчатку. От мелких и диких племен они не встречали сопротивления. Но на р. Амуре русские столкнулись с китайцами. Возникшая вражда была погашена Нерчинским договором (1689), по которому русские отступились от берегов Амура в пользу китайцев. На западе удалось достигнуть важного успеха, именно, заключить с Речью Посполитою в 1686 г. вечный мир на условиях Андрусовского перемирия 1667 г. (§ 95). Польский король Ян Собеский согласился на вечную уступку Киева Москве лишь под влиянием тяжелых обстоятельств трудной борьбы с турками и выговорил за то у Москвы обязательство помогать ему против турок и татар. Обязательство это надо было исполнить: московские войска под начальством кн. В.В.Голицына два раза (в 1687 и 1689 гг.) ходили на Крым, и оба раза неудачно. Большие и тяжелые ополчения москвичей, не приспособленные для степных походов, в первый раз даже не дошли до Крыма, а во второй раз дошли до Перекопского перешейка, но не могли долго держаться в голой степи и без всякого результата повернули назад, не победив татар, скрывшихся за Перекопью. Неудача этих крымских походов подала удобный повод к ропоту и обвинениям со стороны противников Софьи и Голицына. Как раз в 1689 г. младшему из царей, Петру, исполнилось 17 лет: он пришел «в возраст», стал совершеннолетним и мог уже сам с братом Иваном править государством. Поэтому неудача с Крымом и неудовольствие в Москве должны были особенно страшить Софью и грозили ей близким переворотом. Опасаясь этого переворота, Софья делала попытки из временной «правительницы» обратиться в постоянную «самодержицу», соправительницу царей.
После казни князя Хованского в 1682 г. Милославские поставили во главе Стрелецкого приказа начальником всех стрельцов думного дьяка Федора Шакловитого. Человек крутой, решительный и ловкий, Шакловитый держал стрельцов в полном повиновении. Полагаясь на Шакловитого, Софья и думала повести дело так, чтобы стрельцы подали ей челобитье — не оставлять правления, венчаться царским венцом и стать самодержицею. Однако старания Шакловитого и его агентов не имели успеха среди стрельцов. Дело это разгласилось, и противная Софье сторона царя Петра тогда решила действовать. Летом 1689 г. начались открытые ссоры у царицы Натальи и царя Петра с Софьею и закипела между ними острая вражда. Софья опасалась прямого нападения на себя Петра с его «озорниками», потешными «конюхами», и потому держала вокруг себя в Москве усиленные караулы стрельцов.