Уступить Петру и отказаться от правления она и не думала. Петр также боялся покушения на себя стрельцов. Еще более, чем сам Петр, опасалась за сына царица Наталья со своими родными. Когда в августе 1689 г. в Преображенском ночью получено было известие, что в Москве на улицах собраны сильные отряды стрельцов, приближенные разбудили Петра и страшно напугали царя криком, что стрельцы идут его убить. Петр раздетый ускакал в ближайшую рощу, там оделся и помчался оттуда в Троице-Сергиев монастырь, куда приехал чуть живой от усталости и волнения. Страхи оказались, по-видимому, ложными, стрельцы не шли в Преображенское, но Петр с тех пор страдал, как говорят, постоянным нервным недугом: у него появились подергивания щеки, непроизвольные движения головы и некоторая неправильность походки: он, по тогдашнему выражению, «голову запрометывал и ногою запинался».
С отъездом Петра к Троице началась открытая усобица. К царю в крепкий монастырь приехали его мать и жена; съехались родственники и бояре, отставшие от Софьи; пришли потешные полки, также стрельцы полка Сухарева. Постепенно туда же подходили регулярные солдатские полки и съезжались дворяне. У Петра оказывалась громадная сила. Софья с братом Иваном сидела в Москве, окруженная недоумевающими стрельцами. Скоро выяснилось, что у нее нет сил бороться с Петром. Когда Петр, потребовав у сестры отчета о ночных собраниях стрельцов, вызвал к себе из Москвы бояр, то оказалось, что все оставляют царевну Софью: от нее уехал патриарх Иоаким, друг за другом уезжали бояре, стали уходить и стрельцы. Все чувствовали, что право на стороне Петра. Петр победил без боя. Князь Голицын был арестован и сослан; Шакловитого и некоторых близких к нему стрельцов казнили. Софье указано было уехать из дворца в подмосковный Новодевичий монастырь. Петр особым посланием пригласил брата Ивана «царствие править самим». На деле же, вследствие полной неспособности и безгласности царя Ивана, правление всецело перешло в руки Петра, его родных и близких. Так совершился переворот 1689 г.
§ 100. Петр Великий в 1689–1694
В первое время после низвержения Софьи Петр мало интересовался государственными делами и все свое время посвящал либо маневрам со своими «потешными», либо плаванию на кораблях и кораблестроению. Свои «Нептуновы потехи» молодой государь перенес с Переяславского озера в Архангельск. Море произвело глубокое впечатление на Петра и неудержимо стало тянуть его к себе.
Патриарх Иоаким умер в 1690 г. Несмотря на желание Петра иметь ученого патриарха, духовенство избрало на патриаршество одного из московских неученых архиереев Адриана, столь же враждебного новшествам, как и Иоаким. За Адриана была мать царя Петра.