Но в семье царя Алексея Михайловича (1645–1676) об этом ходе знали, и когда царевна Софья Алексеевна взяла бразды правления в свои руки, то тут же послала доверенного человека посмотреть, что с подземным ходом, и заодно узнать, куда тот, собственно говоря, ведет. И, скорее всего, когда этот доверенный человек, вернувшись из разведки, доложил об обнаруженных хранилищах, та запретила там появляться кому бы то ни было еще, во избежание распространения информации. Знали только двое: сама Софья и Василий Макаров. В случае утечки информации было предельно ясно, кому следует рубить голову.
Теперь чуть-чуть о кремлевской географии и тригонометрии. От Тайницкой башни подземный ход шел по прямой линии, точно под обрыв у Архангельского собора. Расстояние составляло 20 саженей, или 43 м. Во времена Ивана Грозного южная стена Архангельского собора находилась почти у обрыва. Но затем в конце XVII в. была присыпана проездная дорога, а за нею тротуар и площадка с двумя спусками к Тайницким воротам. Материковая земля находится с южной стороны собора на высоте 3,5 м от современной поверхности. Ивановская (Соборная) площадь была также засыпана, и материковый грунт лежит теперь на глубине 5–9 м ниже современного уровня земли.
В полу Успенского собора в 1853 г. была вырыта яма глубиной 5 м, но ни подвала, ни материкового грунта обнаружено не было! Но был обнаружен выложенный из кирпича пол, построенный еще в 1326 г. при Иване Калите. Этот пол засыпали впоследствии мусором при постройке нового храма в 1505–1509 гг. И тогда же постлали полы из белого камня. Но и их засыпали на 1,5 м при Алексее Михайловиче, и при нем был устроен третий пол из чугунных плиток. В то же время было твердо установлено, что ни под Успенским, ни под Архангельским собором подвалов нет. Подвалы были обнаружены при южной стене Архангельского собора. Как раз в 1835 г. Подвалы кирпичные, глухие, высотой 3,5 м, длиной 12 м, а шириной 6.4 м. Подвалы разделялись стеной с двумя проходами, и была устроена лестница против ризницы Благовещенского собора с выходом на поверхность. Вот как раз из этого подвала шел коридор в другие подземелья, и в конце его была сооружена железная дверь, мерою ниже роста среднего человека, с огромным висячим замком. Сама дверь была полузасыпана мусором от провалившегося свода. Попробовали ее открыть, но дверь была так перекошена и зажата, что открыть ее не удалось.
Куда дальше вел ход от двери, так и осталось невыясненным. Предполагают, что она вела в подвалы Казенного двора. Кладовые, подвалы и ледники были устроены практически под всеми зданиями старой постройки. Подземелья Чудова монастыря были оборудованы двойными подвалами, нижний из которых был на глубине 8 м.