Зимин, Ю. Алексеев) гораздо более обосновано приписывало его авторство трем видным членам Боярской думы — боярам Ивану и Василию Патрикеевым и князю Семену Ряполовскому, а также трем великокняжеским дьякам — Василию Долматову, Федору Курицыну и Василию Жуку. При этом никто из ученых не отрицал сам факт принятия первого Судебника, и спор шел лишь о том, когда он был одобрен Боярской думой и введен в действие — то ли в сентябре 1497 г. (Я. Лурье, А. Зимин), то ли в феврале 1498 г. (Л. Черепнин). Хотя во всей учебной литературе в качестве единственной даты принятия первого общерусского Судебника всегда фигурировал именно 1497 г.
Как отметил очень вдумчивый и проницательный историк, профессор А. Г. Кузьмин, не все так однозначно с историей этого Судебника, поскольку:
1) Единственное летописное известие о его принятии, дошедшее до нынешних времен, сохранилось только в Типографской летописи, составленной в конце 1520-х гг., где содержалось весьма лаконичное известие о том, что: «Того же лета 7006 (1497) князь великий Иван Васильевич придумал с боярами и уложил суд судити и боярам, окольничим, а у боярина быти дьяку, а судити по Судебнику по великого князя». Аналогичное свидетельство, возможно, содержалось и в Троицком летописце, на который ссылался Н.М. Карамзин, однако эта летопись была безвозвратно утеряна в московском пожаре 1812 г.
2) Оригинал Судебника до нас также не дошел, и его единственный список, дошедший до нас, был выполнен на бумаге с таким же водяным знаком, на которой был создан список «Духовной грамоты» Ивана III в 1504 г.
3) То, что сам Судебник сохранился лишь в единственном экземпляре, тоже вызывает массу вопросов и дает основания предположить, что это был не обязательный закон, одобренный Боярской думой и великим государем, а лишь проект закона, внесенный на их рассмотрение, тем более что фактических материалов применения этого Судебника на практике в письменных источниках обнаружить до сих пор не удалось.
По своей структуре Судебник Ивана III представлял собой внушительный сборник норм тогдашнего уголовного и уголовно-процессуального права, основными источниками которого стали Сокращенная редакция «Русской правды», созданная в XV в., различные «Кормчие книги» XIV—XV вв., Новгородская (1440―1471) и Псковская (1397—1467) судные грамоты, текущее княжеское законодательство, а также нормы обычного права и богатая судебная практика, существовавшая в разных русских землях.
В оригинальной рукописи текст первого Судебника не был разделен на отдельные статьи, хотя имелось несколько подзаголовков и традиционные киноварные инициалы, однако позднее он был разбит ровно на 100 статей. Одна группа статей была посвящена преступлениям против личности, в частности душегубству, злостной клевете и бесчестию.