Сталин, а Политбюро ЦК ВКП(б) приняло Постановление «Об усилении работы советских центральных и местных органов», где прямо говорилось, что это назначение было принято в «целях полной координации работы советских и партийных организаций и безусловного обеспечения единства в их руководящей работе, а также для того, чтобы ещё больше поднять авторитет советских органов в современной напряжённой международной обстановке, требующей всемерного усиления работы советских органов в деле обороны страны»[356]. Однако в связи с начавшейся войной эту политическую реформу пришлось приостановить.
Новая попытка реформировать партийный аппарат была предпринята уже во время войны. Сначала 6 августа 1943 года решением Секретариата ЦК были упразднены должности всех отраслевых секретарей рескомов, крайкомов и обкомов партии. А затем 24 января 1944 года, накануне созыва единственного за все годы войны Пленума ЦК, В.М.Молотов, Г.М.Маленков и Н.С.Хрущёв направили И.В. Сталину совместный проект Постановления Политбюро ЦК «Об улучшении государственных органов на местах», в котором откровенно говорилось о том, что «наши местные партийные органы в значительной степени взяли на себя оперативную работу по управлению хозяйственными учреждениями, что неизменно ведёт к смешению функций партийных и государственных органов, к подмене и обезличиванию государственных органов, подрыву их ответственности, к усилению бюрократизма». В качестве первоочередных организационных мер авторы этого проекта предложили: 1) «полностью сосредоточить оперативное управление хозяйственным и культурным строительством в одном месте — в государственных органах»; 2) освободить партийные органы от «несвойственных им административно-хозяйственных функций» и 3) упразднить во всех обкомах, крайкомах и ЦК союзных компартий «должности заместителей секретарей по отдельным отраслям, а также соответствующие отделы». И.В. Сталин одобрил данный проект, который также поддержал А. А. Андреев. Но на заседании Политбюро ЦК большинством голосов он был отвергнут.
После окончания войны реформа партаппарата была продолжена, но, как и до войны, не доведена до конца. В марте 1946 года состоялся организационный Пленум ЦК, который, по мнению ряда современных авторов (М.В.Зеленов[357]), по своим решениям был сродни партийному съезду. Именно на нём были окончательно упразднены все отраслевые отделы аппарата ЦК, в том числе сельскохозяйственный и транспортный, и сохранены только четыре властные структуры: Управление кадров (А.А.Кузнецов) и Управление агитации и пропаганды (А.А. Жданов), а также два Отдела — Организационно-инструкционный (М.А.Шамберг) и Внешней политики (по связям с зарубежными компартиями) (М.А. Суслов).