Причём, судя по «Списку работников, рекомендуемых на должности председателей Советов народного хозяйства», датированному ещё мартом 1957 года, их отбирали из высшего номенклатурного состава министерств, как правило, с должности первого или «рядового» заместителя министра, а также начальников министерских управлений и даже ряда отделов, и очень редко — бывших министров[484]. Уже к июлю 1957 года из 105 председателей Советов народного хозяйства 94 управленца были подобраны из состава центральных и республиканских министерств и ведомств и только 11 управленцев были рекомендованы рескомами, крайкомами и обкомами КПСС. На тот момент должности председателей региональных СНХ заняли 9 заместителей глав правительств четырёх союзных республик, 22 республиканских министра, 41 заместителей министра и 22 начальника главных управлений союзных и союзно-республиканских министерств. Причём, как указали ряд историков (В.Н.Горлов[485]), сроки и темпы переброски десятков тысяч высококлассных специалистов из центра в провинциальные совнархозы «были столь коротки и поспешны», что невольно создавалось впечатление, что «Н.С.Хрущёву очень не терпелось выслать из столицы влиятельных хозяйственников», на которых опирались Н.А. Булганин и другие руководители союзного правительства. При этом высший руководящий состав самих совнархозов, то есть начальники главных управлений, сводных отделов и директора крупных комбинатов и трестов набирались в основном из местных кадров, поскольку вся местная партийная бюрократия, которая и поддерживала эту реформу, была убеждена, что может обойтись без посланных «столичных начальников».
Однако, даже вводя территориальный принцип управления, Совет Министров СССР принял решение о том, чтобы в центральных органах власти, например в Совете Министров РСФСР, были созданы территориальные и отраслевые группы по совнархозам, автономным республикам, краям и областям. Более того, начиная с 1959 года в аппарате Совета Министров РСФСР[486] стали проводить укрупнение подразделений и объединять территориальные группы с отраслевыми. В результате предприятия машиностроения, чёрной и цветной металлургии, нефтяной, угольной и химической промышленностей оказались в одной группе, получившей наименование «тяжёлой промышленности». Таким образом, с самого начала отраслевой принцип управления де-факто сохранялся в виде отраслевых управлений совнархозов не только на местах, но и в центральном аппарате.