Впоследствии отраслевой принцип управления только усиливался, в результате чего, как совершенно справедливо указали многие историки и экономисты, возникло одно из главных противоречий совнархозовской реформы: стремление сохранить централизацию управления при переносе основных управленческих функций на уровень самих регионов. Непонимание лично Н.С.Хрущёвым этого очевидного факта привело к тому, что недостатки в работе столь нетрадиционной системы управления народным хозяйством страны стали устраняться традиционным путём — укрупнением СНХ, когда всем стало очевидно, что темпы экономического роста, которые заметно выросли с началом их работы, вскоре стали резко снижаться."
"Поэтому одной из главных задач, возложенных союзным правительством на региональные СНХ, стал поиск внутренних резервов для улучшения работы всей промышленности. На короткий период таким «резервом» стало создание территориально-производственных объединений[487], которые значительно позже, в ноябре 1962 года, были узаконены на Пленуме ЦК. К этому времени на всей территории страны действовали почти 150 таких ТПО, из которых 100 — в РСФСР, 22 — в Украинской ССР, по 4 — в Азербайджанской, Узбекской, Литовской, Латвийской и Молдавской ССР и по 2–3 объединения — в Белорусской, Казахской, Киргизской и Туркменской ССР. На территории Эстонской и Таджикской ССР такие ТПО отсутствовали. Причём наибольшее число ТПО (около 70) возникли в лёгкой промышленности, что объяснялось быстрым оборотом финансовых средств и высокой фондоотдачей самой этой отрасли. Зато в машиностроении, станкостроении и металлообработке такая организация производства была крайне затруднена, поэтому там было создано всего 18 ТПО, и то в основном в Ленинградском областном и Московском городском СНХ.
Понятно, что для стабильного качественного сдвига нельзя было ограничиться одной управленческой реорганизацией, поэтому вскоре стали всё явственней ощущаться недостатки в работе практически всех совнархозов. Руководящий состав СНХ был вынужден постоянно подстраиваться под существующие властноэкономические отношения, отчего ещё более усилился бюрократизм, а устранение министерской ведомственности очень быстро обернулось ростом местничества и резким ослаблением рациональных связей между самими совнархозами.