За сдачу города царь обещал им жизнь, рядовых же воинов поклялся отпустить на свободу. Ворота города открылись. Болотников подошел к шатру царя и, как подобает воеводе, положил к его ногам свою саблю. Это был рыцарский жест народного вождя.
Но царь не ответил на это благородство. И Болотников, и Лжепетр были схвачены. Лжепетра вскоре повесили, а Болотникова отослали на север. Шуйский опасался открыто нарушить данное ему обещание. Но через полгода содержания под стражей, когда повстанческие страсти поутихли, Болотникова ослепили, а потом утопили в проруби.
Но борьба повстанцев с правительством продолжалась ещё долго. Не сразу успокоились российские города и села.
Эта победа досталась России дорогой ценой. Страна разваливалась, в её дела стали вмешиваться соседи. Дворянство, поддержавшее Шуйского в критический момент противостояния Болотникову, мечтало о сокрушении власти княжеско-боярской аристократии. Вся борьба была ещё впереди.
Это вскоре подтвердило и появление на западных границах России летом 1607 г. нового самозванца. По всем данным, это был бродячий учитель. Он был похож на Лжедмитрия I, и польские шляхтичи вместе с Молчановым уговорили его взять на себя имя царя Дмитрия.
На этот раз польский король принял ещё более деятельное участие в очередной авантюре. В случае Лжедмитрия I он только не мешал магнатам снарядить и вооружить самозванца, сейчас же призывал шляхтичей поддержать новый поход на Москву. Главной ударной силой войска Лжедмитрия II стали польские наемники во главе с видными воеводами. Здесь же появились запорожские и донские казаки. Примкнула к Лжедмитрию II и часть бывших болотниковцев. К весне 1608 г. его рать насчитывала до 30 тысяч человек. Русские люди вновь мечтали обрести в лице Лжедмитрия II «доброго царя». Поэтому многие южные и западные города России присягнули самозванцу. Однако центр, север и северо-восток страны с городами Нижний Новгород, Ярославль, Кострома, Коломна, Казань, Смоленск остались верны Шуйскому.
1 мая 1608 г. рать Лжедмитрия II нанесла поражение царскому войску под городом Волховом, и вскоре самозванец был уже под Москвой. Но взять сходу хорошо укрепленный город сил не хватило. Он остановился лагерем под Москвой в селе Тушино. С тех пор второй самозванец вошел в русскую историю под именем «тушинского вора». Он создал свои органы управления — Боярскую думу, приказы. Патриархом он сделал ростовского митрополита Филарета Романова.
Так в России появились два царя, два правительства, две столицы. Смута достигла апогея. В поисках материальных благ, в первую очередь земель, наград, привилегий, чинов, бояре и дворяне часто перебегали из Москвы в Тушино и обратно. Многие так и не определились до конца, кому же они будут служить.