Через жену Борис породнился с царской семьей: старшая сестра Марии – Анна – вышла замуж за двоюродного брата царя – Ивана Глинского; младшая ее сестра Екатерина (или Христиана) стала женой князя Дмитрия Шуйского. Так никому неизвестный 19 летний сын мелкого помещика стал почти равным в кругах высшей русской аристократии.
7 летняя сестра его Ирина Годунова тоже удостоилась царской милости – девочку взяли на воспитание ко двору Ивана Грозного.
Дмитрий Годунов сосватал свою племянницу Ирину Годунову за сына царя – Федора Иоанновича. 6 октября 1580 г. Иван Грозный венчался со своею последнею, седьмою женою – Марией Нагой, а 7 октября были венчаны Федор и Ирина. Теми же днями Бориса Годунова, как шурина царевича, возвели в бояре.
А вскоре начались странные события, навечно оставшиеся неразрешимой загадкой для любопытствующих потомков. Примерно 19 ноября 1581 г. погиб наследник русского престола Иван Иванович. Несмотря на все попытки историков доказать, что царь собственноручно убил сына, у них ничего не получается: ведь аргументы ученых берутся только из летописей тех времен, но все они были составлены постфактум и по заказу заинтересованных лиц. Вскрытие же гробницы царевича в 1963 г. более всего указывает на то, что молодого человека отравили. Кто? Неразрешимый вопрос! На роль заказчиков убийства есть три кандидатуры: 1) ближайшие претенденты на престол бояре Романовы; 2) вторые на очереди претенденты – Шуйские; 3) замахнувшиеся на высшую власть Годуновы.
Агенты Дмитрия Самозванца убивают сына Бориса Годунова. Художник К.Е. Маковский. 1862 г.
Тогда же у жены погибшего наследника случился выкидыш, и единственным преемником престола от московских Рюриковичей остался Федор. Правда, и царь был еще не стар – Ивану Васильевичу шел 52 й год. Подтверждение его мужской силы было явлено 19 октября 1582 г. – через 11 месяцев после гибели царевича Ивана у Грозного и Марии Нагой родился сын Дмитрий. Претенденты на трон впали в уныние. Однако неведомые убийцы не опустили рук. Царь начал хиреть на глазах.
18 марта 1584 г. Иван Грозный умер на 54 м году жизни. Незадолго до кончины царь назначил опекунский совет при Федоре. В него вошли бояре: Иван Мстиславский, Иван Шуйский, Никита Захарьин (основатель рода Романовых) и Богдан Бельский.
В этот раз поле боя осталось не за Годуновыми, точнее, не за Борисом, поскольку Дмитрий Иванович Годунов умер незадолго до царя.
Федор Иванович изначально самоустранился от власти. Зато опекуны немедля сцепились между собой. Вначале всем скопом еще до коронации они спровадили в ссылку «за измену» Бельского. А затем дружно взялись за Нагих. Царевичу Дмитрию не было еще двух лет, но он уже представлял немалую угрозу для претендентов на венец.