Вдовую царицу с сыном выслали в дарованную им Грозным вотчину Углич.
Затем пришла очередь Годунова. В Москве неожиданно вспыхнул дворянский мятеж. Участвовали в нем преимущественно люди из окружения Шуйских, но обвинили в его организации Бориса Годунова. Верные Годуновым войска срочно заняли Кремль, и выдавить их оттуда никто не смог.
В разгар конфликта Никиту Захарьина хватил инсульт. Слегка оправившись, он смертельно обиделся на других опекунов за то, что отстранен от власти, и в ярости передал свои права опекуна Борису Годунову! После чего скоро умер. Победа осталась за Годуновыми.
Еще при жизни дяди Борис подружился с главным дьяком думы Андреем Щелкаловым. Последний и стал мудрым наставником Годунова в политических интригах, именно он разработал стратегию свержения оставшихся опекунов. Недаром Борис называл Щелкалова «отцом родным».
Дьяк обстряпал дело, согласно которому Ивана Мстиславского обвинили в попытке покушения на Годунова и сослали в 1585 г. в Кирилло-Белозерский монастырь, где бедняга и умер. Хитрый Иван Шуйский на время затаился, притворившись «лучшим другом» царского шурина. После пострижения Мстиславского власть в стране перешла в руки Бориса."
"15 мая 1591 г. из Углича пришло известие, что погиб царевич Дмитрий. Дело об обстоятельствах этой трагедии, несмотря на сохранившиеся документы досконально проведенного следствия, очень запутанное. Подавляющее число исследователей придерживается той точки зрения, что Борис Годунов к смерти царевича не причастен. И вообще убийства не было, но имела место трагическая случайность, и только семья Нагих пыталась представить гибель Дмитрия как убийство. Впоследствии церковь, по велению царя Василия Шуйского канонизируя царевича как невинно убиенного, навязала верующим душещипательную житийную версию событий. Как бы там ни было, но перед Борисом Годуновым тогда впервые встал вопрос: кому быть на царстве после Федора?
Бездетный царь скончался 6 января 1598 года. Преемника он не назначил, лишь просил жену постричься в монастырь. Вопреки воле покойного, Годунов попытался возвести сестру на престол, причем поддержал его в этом патриарх Иов. Однако присяга царице требовала целовать крест «патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, правителю Борису и его детям». Бояре отказались присягать Годуновым, и перепуганная Ирина поспешила постричься в монастырь. Решение о престоле передали Боярской думе.
Дума была против Бориса Годунова, но его поддержал патриарх Иов. 17 февраля 1598 г. истек срок траура по царю Федору. В тот же день Иов созвал Земский собор и выдвинул в цари Бориса Годунова. Состоялось «народное шествие» к Новодевичьему монастырю, где жила царица-монахиня Ирина.