Толчком к началу реформ стал приезд в 1648 г. в Москву иерусалимского патриарха Паисия, который стал попрекать русских ошибками в службе Богу, а Вонифатьев и Никон, при этом присутствовавшие, ничего не смогли ответить в силу своего незнания. Как раз в те дни Алексей Михайлович назначил Никона митрополитом Новгородским, вторым по чину иерархом в Русской церкви, а Паисий рукоположил его.
После отъезда иерусалимского патриарха для пересмотра московских церковных обрядов и книг из Киева, где на 20 лет раньше была проведена новогреческая реформа церкви, призвали просвещенных знатоков-монахов. Именно они, а не кружок ревнителей, занялись настоящей подготовкой реформ, чем обескуражили русских идейных борцов за новую церковь.
Тем временем Никон отъехал в Новгород, где самостоятельно начал реформационную работу согласно планам кружка Вонифатьева. Но Алексей Михайлович не забыл о своем любимце, и когда в 1652 г. умер патриарх Иосиф, он призвал Никона. Тот немного поупрямился и согласился, вытребовав себе титул «великий государь» и право свободы действий. Кружковцы торжествовали: «наш пришел»…
Не тут-то было! Втайне Никон поставил перед собою цель создать в России государство, где патриарх был бы выше царя. А для этого он должен был маневрировать и отрекся от бывших единомышленников. Никон запретил пускать кружковцев даже в преддверие патриаршего двора. Он продолжил общаться только с духовником царя Вонифатьевым, уж слишком сильное влияние тот имел на Алексея Михайловича.
В канун Великого поста 1653 г. патриарх разослал по храмам Москвы наказ о введении церковных обрядов по новогреческому образцу и велел креститься тремя перстами вместо двоеперстия. Так началась великая реформа.
Кружковцы подали челобитную царю против еретических нововведений патриарха. В ответ Никон стал фальсифицировать обвинения и жалобы прихожан на его противников. Алексею Михайловичу только этого и надо было. В течение года большинство протопопов-ревнителей арестовали и выслали в места отдаленные, в их числе Ивана Неронова и Аввакума Петрова.
В 1654 г. Алексей Михайлович отбыл в Малороссию – на войну с Речью Посполитой. С небольшими перерывами он отсутствовал в столице два года. Своим наместником царь оставил патриарха Никона. Тот сразу же взялся за исправление икон. У прихожан отбирали не понравившиеся патриарху образа – близкие по реализму к картинам итальянского Возрождения. Летом в стране вспыхнула эпидемия чумы, а затем 2 августа случилось солнечное затмение. Все это лишний раз подтвердило мирянам правильность утверждений ревнителей, что Никон послан на Русь антихристом. 25 августа против патриарха-правителя началось народное восстание. Его потопили в крови.