Воспользовавшись ситуацией, Потин совершил государственный переворот. Клеопатра бежала в Сирию, где на границе с Египтом стояла ее рать. Царице удалось убедить военачальников выступить в поход на Александрию. Ей навстречу двинул армию Птолемей Дионис, поддавшись на уговоры властолюбивого евнуха.
Тем временем в Риме полыхала борьба за власть. Летом 48 г. до н. э. произошло знаменитое Фарсальское сражение между войсками полководцев Гнея Помпея и Гая Юлия Цезаря, исход которого разрешил спор о владычестве над огромной державой в пользу Цезаря. Помпей бежал в Египет в надежде найти там убежище, но был вероломно убит. Цезарь, преследуя врага, во главе большого флота вскоре прибыл в Александрию, где получил от царедворцев Птолемея XII голову и перстень соперника. Отказавшись от страшного дара, он, по рассказам биографов, оплакал гибель Помпея.
В завещании Птолемея Авлета было сказано, что гарантом его воли о престолонаследии является Рим. Помня об этом, а также и о том, что долг царствующего дома в 10 тысяч таланов так и не был выплачен, Цезарь вызвался уладить спор между братом и сестрой в надежде вернуть деньги и потребовал, чтобы обе стороны распустили армии и явились в Александрию на его суд.
…Легенда гласит, что однажды ночью в покоях Цезаря появился скромно одетый человек, неся на плече свернутый ковер. На все вопросы охраны следовал лаконичный ответ: «Это подарок Цезарю». Перед глазами изумленного римлянина и его приближенных из расстеленного на мозаичном полу роскошного ковра появилась очаровательная молодая женщина. Слуга, сицилиец Аполлодор, почтительно склонившись перед незнакомкой, произнес: «Клеопатра»…"
"О подробностях той ночи история умалчивает, но уже на следующий день Цезарь объявил Птолемею, что он должен помириться с сестрой и разделить с нею власть. Обманутый в своих ожиданиях, царь сорвал с головы корону, бросил ее на пол и с криками «Меня предали! К оружию!» выбежал из дворца. Недовольные присутствием римлян, подстрекаемые Потином александрийцы словно только и ждали этого призыва. Вспыхнул мятеж, очень быстро переросший в настоящую войну, названную впоследствии Александрийской. Всю зиму 48/47 г. до н. э. римский отряд во главе с Цезарем выдерживал осаду в резиденции египетских царей. Опасаясь, что его флот, блокированный в гавани, может достаться врагу, полководец приказал поджечь его. Огонь перекинулся на берег, уничтожив множество зданий, тогда же серьезно пострадала городская библиотека. Когда прибыло подкрепление, Цезарь разбил восставших и египетскую армию: Птолемей Дионис утонул во время бегства, Потин погиб, а Арсиноя, младшая сестра Клеопатры, выступавшая на стороне мятежников, была пленена, а затем выслана за пределы страны.