Герье в Москве (1872), Высшие женские курсы в Казани (1876), Бестужевские женские курсы в Киеве (1878), Высшее техническое училище Министерства почт и телеграфа в Петербурге (1886), Сибирский Императорский университет в Томске (1880), Харьковский технологический институт (1890), Томский политехнический институт (1896), Петербургский медицинский институт (1897), Киевский политехнический институт (1898), Петербургский политехнический институт (1899) и другие. Всего к концу XIX в. в России существовало 63 университета и института, где обучалось более 17 тысяч студентов.
Во всех высших учебных заведениях страны работали многие выдающиеся русские ученые, которые внесли огромный вклад в развитие национальной науки, в том числе Д.И. Менделеев, А.М. Бутлеров, А.Г. Столетов, И.М. Сеченов, К.А. Тимирязев, С.М. Соловьев, В.О. Ключевский, Ф.И. Буслаев и другие.
В эпоху «великих реформ» была проведена и реформа военного образования. Для подготовки младших офицеров армии и флота в 1863 г. все кадетские корпуса были преобразованы в военные гимназии, близкие по своей программе (помимо специальных военных дисциплин) к реальным гимназиям. В 1864 г. для подготовки среднего офицерского состава были учреждены военные училища, в которых обучались выпускники военных гимназий. В том же году для подготовки военных инженеров, артиллеристов и кавалеристов были созданы 16 юнкерских училищ с трехлетним сроком обучения. А для подготовки старшего офицерского состава была проведена реформа всех старых высших военных учебных заведений — Военно-медицинской академии (1798), Николаевской инженерной академии (1819), Михайловской артиллерийской академии (1820), Военно-морской академии (1827) и Военной академии Генерального штаба (1832).
Новый этап в политике образования был связан с неудачным покушением на Александра II, совершенным студентом Д.В. Каракозовым. В результате этих драматических событий слишком либеральный министр народного просвещения А.В. Головнин был отправлен в отставку и заменен графом Д.А. Толстым, который был настроен значительно консервативнее своего предшественника и пробыл на этом посту целых пятнадцать лет.
1) подлежали ликвидации все реальные гимназии;
2) срок обучения в классических гимназиях увеличивался до восьми лет;
3) за счет сокращения программы по другим предметам (главным образом гуманитарного цикла) существенно расширялась программа изучения древних классических языков, которые отныне рассматривались как главное средство борьбы с «материализмом и нигилизмом».
В июле 1872 г. было издано специальное «Положение», согласно которому все реальные гимназии преобразовывались в реальные училища с шестилетним сроком обучения.