Последние находились в введении Святейшего синода.
1) Среднее образование становилось бессословным, т. е. право обучения в гимназии получали представители всех сословий Российской империи, независимо от их вероисповедания.
2) Во всех гимназиях сохранялся семилетний срок обучения, а сами они разделялись на классические и реальные. В классических гимназиях основной акцент делался на изучении древних «классических» языков (латинского и древнегреческого) и предметов гуманитарного цикла: русской и всеобщей истории, русской и иностранной литературы, географии, основ философских знаний и т. д. В реальных гимназиях, напротив, основной акцент делался на изучении предметов естественнонаучного и физико-математического цикла, за счет существенного сокращения программы по гуманитарным предметам.
3) Выпускники классических гимназий получали право поступления в университеты без сдачи вступительных экзаменов, а выпускники реальных гимназий в основном могли поступать только в технические вузы.
4) Учреждались так называемые прогимназии с четырехлетней программой обучения, после окончания которой выпускник мог либо закончить свое образование, либо, напротив, продолжить его, поступив в пятый класс классической гимназии.
Изначально все гимназии и прогимназии предназначались только для обучения лиц мужского пола. Система женского образования, возникшая во времена Екатерины II, существовала автономно. В 1858 г., наряду с закрытыми дворянскими «институтами благородных девиц», стали возникать первые женские училища для представительниц податных сословий. В январе 1862 г. эти училища обзавелись собственным типовым уставом, а в ноябре 1862 г. они были переименованы в женские гимназии. В этих учебных заведениях также устанавливался семилетний срок обучения, но с сокращенной программой преподавания общеобразовательных дисциплин.
Итоги реформирования начального и среднего образования, при всех имеющихся недостатках, были впечатляющими: менее чем за сорок лет количество школ и гимназий выросло в десять раз — с 8 тыс. до 80 тыс. учебных заведений, а количество школяров и гимназистов в восемь с половиной раз — с 450 тыс. до 3,8 млн человек.
По инициативе целого ряда известных ученых и педагогов, в частности, Константина Дмитриевича Ушинского, в этот период значительно активизировалась работа по созданию целой сети внешкольного образования — так называемых «воскресных школ», первые из которых возникли еще в 1859 г.
В ноябре 1861 г. была создана специальная комиссия по реформе высшей школы, в состав которой вошли все попечители учебных округов, ректоры и профессура наиболее крупных университетов и институтов страны. В начале 1862 г.