был подготовлен проект нового «Университетского устава», который после многократного обсуждения и согласования в различных правительственных инстанциях был подписан Александром II в июне 1863 г. Действие нового, самого либерального за всю историю России «Университетского устава» распространялось только на пять российских и малороссийских университетов: Московский, Петербургский, Казанский, Харьковский и Киевский, поскольку университеты в Дерпте, Гельсингфорсе и Варшаве уже имели собственные уставы.
В соответствии с новым «Уставом» во всех российских университетах создавалась унифицированная система, состоящая из четырех факультетов: историко-филологического, физико-математического, юридического и медицинского. Для Петербургского Императорского университета было сделано исключение и вместо медицинского был создан восточный факультет. Кроме того, вводились новые учебные дисциплины и открывались новые кафедры, а количество штатных профессоров увеличивалось в полтора раза.
а) выбирать ректора, проректоров и деканов с последующим утверждением их в должности министром народного просвещения, присуждать ученые степени и звания;
б) распределять государственные средства, выделяемые на содержание университета, по факультетам и кафедрам, открывать новые кафедры, создавать в рамках факультета отделения, свободно выписывать иностранные издания, посылать своих студентов и профессоров на учебу и стажировку за границу и т. д.
Студенты всех российских университетов, как и раньше, делились на две категории: своекоштных, которые платили за обучение, и казеннокоштных, которые находились на государственном обеспечении. Первые, окончив университет, свободно выбирали себе род занятий или государственной службы, а вторые были обязаны отслужить на государевом поприще шесть лет по распределению.
Одновременно с реформой высшей школы был продолжен курс на расширение сети высших учебных заведений, треть из которых предназначалась для курсисток. В пореформенный период были открыты Новороссийский Императорский университет в Одессе (1862), Петровская земледельческая и лесная академия в Москве (1865), Московское высшее техническое училище (1866), Лубянские женские курсы в Москве (1869), Владимирские женские курсы в Петербурге (1870), Систематические женские курсы в Киеве (1870), Высшие женские медицинские курсы в Петербурге (1872), Высшие женские курсы профессора В.И.