Но поражение «комсомольцев» всё равно не позволило брежневской группировке полностью «оккупировать» власть. В условиях довольно успешной экономической реформы, начатой в 1965 г., прочные позиции в верхних эшелонах власти продолжала занимать группировка премьера А.Н. Косыгина, который не только жестко контролировал практически весь правительственный аппарат, но и стал очень активно вмешиваться во внешнюю политику страны. Костяк премьерской группировки в верхних эшелонах власти составляли сам председатель Совета Министров СССР А.Н. Косыгин, первые заместители председателя Совета Министров СССР Д.С. Полянский и К.Т. Мазуров, заместители председателя Совета Министров СССР Н.К. Байбаков, В.А. Кириллин и В.Н. Новиков, а также председатель Совета Министров РСФСР Г.И. Воронов. Однако Л.И. Брежнев так же смог создать в правительстве свой «днепропетровский клан», ставший своеобразным противовесом премьеру, видными членами которого стали три заместителя председателя Совета Министров СССР — Н.А. Тихонов, В.Э. Дымщиц и И.Т. Новиков, с которыми генсек крепко подружился еще в свою бытность первым секретарем Запорожского и Днепропетровского обкомов КПУ в 1946―1950 гг.
До определенного момента Л.И. Брежнев внешне не стремился к лидерству в определении экономического курса страны, признавая в этой сфере авторитет А.Н. Косыгина. Поэтому, когда в начале 1969 г. он начал открыто критиковать положение дел в народном хозяйстве страны, это вызвало резкий протест со стороны ряда старых членов Политбюро и привело к серьезному охлаждению отношений с премьером. Однако к этому времени Л.И. Брежневу уже удалось серьезно укрепить свои связи с высшим генералитетом страны, который еще в апреле 1967 г., после смерти маршала Р.Я. Малиновского, возглавил его старинный фронтовой друг маршал А.А. Гречко, назначенный новым министром обороны СССР.
По информации ряда современных авторов (А. Вдовин, Д. Чураков), в 1969 г. ряд членов высшего советского руководства, в частности, А.Н. Шелепин, Г.И. Воронов, К.Т. Мазуров, Д.С. Полянский и П.М. Машеров, которые придерживались умеренной сталинской линии по наведению элементарного порядка в стране, попытались существенно подправить официальные оценки роли И.В. Сталина в истории нашей страны. Поэтому в октябре 1969 г. в главном теоретическом журнале «Коммунист» к 90-летию со дня рождения усопшего вождя была опубликована статья, содержащая довольно трезвые оценки его эпохальной роли в истории партии и советского государства. Как документально установили другие авторы (Р. Пихоя), эту публикацию поддержало практически все руководство Политбюро и Секретариата ЦК, за исключением только Н.В. Подгорного, А.Я. Пельше, Б.Н. Пономарева и отчасти А.П. Кириленко.